Originaire de Moscou, Margarita Polonskaya commence très tôt l’étude de la musique et du théâtre. En 2016, elle obtient le 1^er prix au Festival international d’opéra de Karpacz (Pologne) et la 3^e place au concours de chant russe « Chefs-d’œuvre de la musique russe ».

En 2017, elle obtient sa licence à l’Académie Gnessin de Moscou dans la classe de Ruzanna Lisitsian. Elle y chante notamment les rôles de Nella et Lauretta de Gianni Schicchi de Puccini. La même année, elle a remporté la 3^e place à la 21^e édition du concours international des étudiants en chant lyrique « Bella voce » et la 1^ère place du 19^e concours international de chant russe Isabella Yurieva.

Étudiante de Mario Díaz à l’Université Mozarteum de Salzbourg depuis 2018, elle est finaliste et boursière du 25^econcours international de chant Ferruccio Tagliavini de Deutschlandsberg et reçoit la bourse d’étude Gianna Szel. Elle apparaît à l’Opéra studio de l’Université Mozarteum dans Tea de Tan Dun.

Margarita Polonskaya rejoint l’Académie de l’Opéra national de Paris en septembre 2022. Elle fait ses débuts à l’Opéra Bastille en septembre 2022 dans le rôle de la première dame de La Flûte enchantée de Mozart. Au cours de sa première saison à l’Académie, Margarita Polonskaya prend part à la tournée du concert « Compositrices et mélodie française », en partenariat avec le Palazzetto Bru Zane, à Paris, Venise et à la Musikfestspiele de la Sarre.

Elle interprète le rôle de Giulia de La Scala di seta de Rossini au printemps 2023 avec les artistes de l’Académie sous la direction d’Elizabeth Askren et dans une mise en scène de Pascal Neyron à l’Athénée Théâtre Louis-Jouvet.